Kościół w stylu neogotyckim w Hucie Kalnej zbudowany został przez wyznawców Ewangelickiego Kościoła Unii Staropruskiej (Evangelische Kirche der altpreußischen Union) w 1894 roku. Rok ukończenia budowy został wykuty w granitowym kamieniu u podstawy północno-wschodniego narożnika nawy świątyni. Dzisiejsza plebania, a ówczesna pastorówka powstała później – jednakże jeszcze przed I wojną światową – w 1907 roku. Rok ukończenia budowy pastorówki wyrzeźbiony został w zachowanym do dziś oryginalnym drewnianym portalu głównego wejścia. W okresie II Rzeczypospolitej budynki pozostawały w administracji Ewangelickiego Kościoła Unijnego w Polsce. Wspólnota mająca w pieczy budynki kościoła i pastorówki składała się z Niemców zamieszkujących Hutę Kalną i inne okoliczne wsie.

Po II wojnie światowej, w 1947 roku, zdewastowany radzieckim ostrzałem artyleryjskim kościół został przekazany przez Urząd Likwidacyjny Parafii w Piecach. Mieszkańcy Huty Kalnej wspólnymi siłami solidarnie podnieśli z gruzów uszkodzone części ścian kościoła. W kwietniu 1948 roku kult rzymskokatolicki zainicjował w nim delegowany ks. Bolesław Meloch, proboszcz w Zblewie. Do roku 1957 z posługą duszpasterską dojeżdżał z Pieców ks. Maksymilian Machajewski.

1 lipca 1957 roku biskup Kazimierz Józef Kowalski utworzył przy kościele w Hucie Kalnej ośrodek duszpasterski i przydzielił dla niego kapłana pełniącego funkcję administratora, ks. Edmunda Huzarka. Pierwszy wpis w księdze chrztów dokonany został 22 lipca 1957 roku. Kościół od początku kultu dedykowany był świętemu Józefowi.

W latach 1974-1977 administratorem ośrodka duszpasterskiego był ks. Witold Chylewski.

W uroczystość Zmartwychwstania Pańskiego, 15 kwietnia 1979, roku biskup chełmiński Bernard Czapliński ustanowił Parafię pw. Świętego Józefa Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny w Hucie Kalnej, włączając do niej wsie: Czarne, Klaniny, Lubiki Małe, Lubiki i osadę Czubek. Proboszczem Parafii ustanowił ks. Stanisława Szarowskiego.